El territorio de Soyopa fue visitado por Álvar Núñez Cabeza de Vaca en 1538, habitado entonces por ópatas, pimas bajos y yaquis dedicados a la pesca y la caza a orillas del Río Yaqui. En 1690, los españoles fundaron el Real Viejo, atraídos por las minas descubiertas por Juan Fernández de la Gotera, dando inicio a la historia formal del municipio.

El auge minero de 1880 transformó a Soyopa en un polo de extracción de plata, atrayendo población de toda la región. Tras el agotamiento del mineral, el municipio transitó hacia la ganadería y la agricultura. El 8 de mayo de 1935 fue rehabilitado como municipio libre y autónomo del estado de Sonora.

Entre 1960 y 1964 se construyó en territorio soyopeño la Presa Plutarco Elías Calles “El Novillo”, una de las obras de ingeniería más importantes de Sonora, capaz de generar 135 megawatts de energía eléctrica. Hoy, Soyopa es un municipio serrano de gran riqueza natural, donde la pesca deportiva, las aguas termales de Tónichi y los paisajes del Río Yaqui atraen visitantes de todo el estado.